ピロリ除菌後の胃酸分泌亢進による胃食道逆流症（GERD）発症を危惧する声がある。しかし、除菌とGERD発症リスクに有意な関連は認められず、GERD患者の自覚症状が除菌で改善するとの報告もある。
ピロリ菌は胃酸を中和し、胃粘膜に炎症を引き起こして消化性潰瘍や癌を引き起こす。そのピロリ菌を除菌すると胃粘膜が修復し、それに伴い胃酸分泌が亢進する。その結果、胃食道逆流症（GERD）が発症しやすくなると一般に考えられている。実際、除菌薬（商品名ランサップ）の添付文書の副作用欄には「胃食道逆流」の記載がある。
ピロリ除菌とGERDについては、1997年、ドイツの研究者が非GERD患者を対象に除菌群と非除菌群を前向きに調査し、除菌群のGERD発症リスクが高いと報告したことから注目を集めた。
欧米ではGERD増は否定
しかしその後に行われた、ランダム化比較試験（RCT）では、GERD発症率に関して両群間に有意差は見られなかったとする報告が多い。2010年1月に発表されたメタ解析でも、除菌後に新たなGERDを発症するリスクは、オッズ比1.17（95％信頼区間 0.94-1.45）となり、有意差がないことが確認された