マイナンバー保険証の誤登録によりトラブルが相次いでいることを受け、全国保険医団体連合会が全国の医療機関にアンケートを実施したところ、オンライン資格確認の運用を開始した医療機関のうち、６割以上がトラブルを経験していることが分かった。
トラブルの種類としては「無効・該当資格なしと表示され、被保険者の資格情報が正しく反映されない」が６４．８％、「カードリーダー等に不具合でマイナ保険証を読み取れない」が４６．９％、「ＩＣチップの破損などマイナ保険証自体の不具合で読み取れない」が２０．５％だった。
これらのトラブルに対し、医療機関側は「健康保険証で資格確認した」、「レセコンメーカーに連絡」「オンライン資格確認のコールセンターに連絡」、「保険者に連絡」などで対処。
しかし、「健康保険証を持参していなかった」「コールセンターに繋がらない」、「レセコンメーカーにすぐに繋がらない」など、すぐに対応出来なかったケースが１２８２件にのぼった。